تبدأ القصة بظهور الشخصية الرئيسية سينشي كودو ذو السبعة عشر عامًا، وهو طالب في المدرسة الثانوية ومتحرٍ يساعد الشرطة والمفتش ميغوري في حل بعض القضايا، مشهور بذكائه وعبقريته التي تُفاجئ الجميع باستنتاجات تخالف التوقعات. وفي يوم من أيام العطلة خرج مع صديقة طفولته ران موري إلى مدينة الملاهي، وحدثت جريمة قتل داخل الأفعوانية وحلها كالعادة بذكائه ومهارته، وبينما كانوا هناك لمح سينشي كودو رجلًا ذو ملابس سوداء يقوم بعملية ابتزاز. فأراد معرفة القصة، فما لبث إلا أن ضُرب من الخلف وسقط مغشيًا عليه، ومن ثم أُجبر على تناول عقار جديد، لم يستخدم من قبل إلا على الفئران وظن الرجل ذو اللباس الأسود أنه سيقتله ولن يترك فيه أثرًا للتسمم لكن العقار السام تسبب في تقلص جسده ليصبح فتًى في السابعة من عمره. تلك الحادثة التي وقعت في مدينة الملاهي تسببت بولادة بطل المسلسل كونان إيدوجاوا وتغير حياة سينشي كودو.